Необходимость прокладки железной дороги от Оренбурга до Ташкента была высказана специализированной железнодорожной комиссией в 1874 году. По стратегическим соображениям было решено строить железную дорогу от восточного побережья Каспийского моря вглубь среднеазиатской пустыни до городов Кызыл-Арват, Ашхабад и дальше.
Сооружение Закаспийской железной дороги началось в ноябре 1880 года. В 1885 году железная дорога достигла Ашхабада, в 1886 году – Чарджоу. В мае 1888 года с возведением 30-ти пролетного моста через Амударью открылось движение до Самарканда. В 1885 году начальный пункт Закаспийской железной дороги был перенесен из Михайловского залива в Узун-Адад, а в 1896 году – в Красноводск (современный Туркменбашы), с тем чтобы обеспечить подход более крупных судов. К 1898 году общая протяженность Закаспийской железной дороги достигла 1579 верст.
В 1899 году от станции Урсатьевская (ныне Хаваст) были проложены две ветки: до Ташкента и в Ферганскую долину до Андижана.
В 1899 году Закаспийская железная дорога была передана в ведение Министерства путей сообщения и после слияния с линиями Самарканд-Андижанской дороги получила название Среднеазиатской, которая проходила по территории Сырдарьинской, Самаркандской, Ферганской, Закаспийской областей и Бухарского ханства. Общая протяженность железной дороги с ответвлениями составила 2354 версты.
Если на первых этапах эксплуатации дороги ее роль в первую очередь сказывалась в политической и военных областях, то постепенно стала увеличиваться также и коммерческая составляющая. С 1887 по 1900 год грузооборот увеличился в 7,3 раза. Резко вырос вывоз из Центральной Азии таких товаров, как хлопок, сухофрукты, шелк и каракуль. В свою очередь, из России стали больше ввозить мануфактуры, сахара, металла и других продуктов производства. Под влиянием открывшихся возможностей для вывоза на рынки России стал наблюдаться рост производства в странах Центральной Азии, начали развиваться отдельные виды промышленности, в первую очередь хлопкоочистительная Положительно сказалось появление железной дороги и на развитие торговли России с Афганистаном и Персией. Так, если в 1896-1900 годах товарооборот русско-афганской торговли составил 2,7 млн. руб., то в 1906-1910-м – 5,8 млн., а в 1911 году – уже 10,6 млн. Наличие железной дороги повлияло и на развитие восточных районов Персии и персидско-русской торговли.
Основной поток грузов шел через Красноводский порт и Ашхабад в европейские районы России и в Персию и через форт Александровский и города Мерв (ныне Мары), Керки, Келиф – в Афганистан. В стратегическом отношении по линии Мерв – Кушка железная дорога давала выход к южной границе. До 1900 года построены основные линии: Красноводск – Ташкент, Черняево – Андижан (движение открыто в 1899 году), Мерв – Кушка (1900). Строительство осуществлялось воинскими частями в трудных условиях пустыни Каракум. Строители впервые в мировой практике доказали возможность прокладки железной дороги в условиях безводной пустыни и подвижных песков. Опыт строительства впоследствии был применен при проектировании и строительстве железной дороги в Сахаре.
Несмотря на постоянный рост длины рельсового пути и ее значение в жизни региона, дорога оставалась «островной», так как не была связана с железнодорожной сетью страны. Необходимость перевалки грузов на суда в Красноводске создавало дополнительные сложности и затягивала сроки их доставки. Поэтому, естественно, неоднократно поднимался вопрос о строительстве новой железной дороги, которая напрямую соединила Россию со Среднеазиатским регионом.
Было выдвинуто несколько таких проектов, однако в 1900 году выбрали маршрут Оренбург – Ташкент. Сооружение дороги было начато в 1901 году с обеих сторон. В январе 1906 года дорога вступила в строй, открыв для Средней Азии прямой выход в Центральную Россию.
К 1913 году в подвижном составе было 531 паровоз, 7953 товарных и 495 пассажирских вагонов. На дороге построены депо, железнодорожные мастерские в Ташкенте, открыто 25 училищ. Протяженность всех железнодорожных линий составила 2740 км. Техническая оснащенность железной дороги оставалась слабой: подвижной состав был представлен маломощными паровозами серии О, Ш, Н и двухосными деревянными вагонами с винтовой упряжью (сцепкой) и ручными тормозами; в путь были уложены рельсы легкого типа на деревянных шпалах и песчаном основании; использовались несовершенные системы сигнализации и связи (жезловая система и телеграф); недостаточное развитие получили железнодорожные станции. Перегоны пропускали в сутки от 2 до 12 пар поездов массой не более 600 т, участковая скорость составляла 13 км/ч.
В годы Советской власти Среднеазиатская железная дорога объединяла сеть железных дорог Узбекской ССР, Туркменской ССР, Таджикской ССР, частично Киргизской ССР. Управление дороги располагалось в Ташкенте.
В 20-е годы прошлого века и позже на Среднеазиатской железной дороге проводилась реконструкция. Построены новые линии: Амударьинская – Термез (1925), Термез – Джаркурган и Фергана – Кызыл-Кия (1926), Андижан – Тентяксай (1927), Джаркурган – Душанбе, Душанбе – Янги-Базар, Ассаке – Шахрихан, Карасу – Ош, Джалал-Абад – Кок-Янгак (1928 – 1932 годы), Канибадам – Шураб (1933), Учкурган – Таш-Кумыр (1935).
В годы Второй мировой войны дорога обеспечивала связь Средней Азии с Кавказом и центром СССР. Были приняты меры по значительному увеличению ее пропускной способности, производству на месте дефицитных материалов и запасных частей. В короткий срок было построено 9 чугунолитейных и 3 сталелитейных цеха, линии Ташкент – Ангрен (1941-1945) и Амударьинская – Душанбе.
В послевоенные годы по территории современного Узбекистана были проложены новые участки железной дороги: Салар – Барраж (1947), Чарджоу – Кунград (1957), Навои – Учкудук и Джизак – Сырдарьинская (ныне Мехнат) (1962), Келес – Узбектстан (1966), Барраж – Ходжикент (1967), Суперфосфатная (ныне Мараканд) – Кашкадарья (1970), Термез – Курган-Тюбе (1974), Найманкуль – Нукус (1975), Нукус – Чимбай (1980).
С 1963 года действует паромная переправа Красноводск – Баку, которая обеспечила кратчайшую бесперевалочную связь дороги с Закавказской железной дорогой.
Важнейшей железнодорожной линией является Кунград Бейнеу (408 км), с вводом в эксплуатацию которой в 1972 году Средняя Азия получила жизненно необходимый выход в европейскую часть СССР. Опыт эксплуатации этой линии показал ее исключительное значение. Перевозки по ней в 1990 году составили более 1 млрд. тонн грузов и 1,3 млн. пассажиров. В 1982 году введен в эксплуатацию совмещенный мостовой переход через р. Амударью в районе г. Термеза, позволивший укрепить транспортно-экономические связи с Афганистаном.
На Среднеазиатской железной дороге в 1931 году на участке Ашхабад – Душак и Ашхабад – Бами впервые в мировой практике начались регулярные пассажирские и грузовые перевозки на тепловозной тяге. В 1974 году дорога первой в железнодорожной сети СССР полностью перешла на тепловозную тягу.
В 1933 году организованы вагонная служба и вагонные участки, в 1935 году построены вагоноремонтные пункты на ст. Ашхабад, Чарджоу, Карши, Термез, Хаваст и вагонные депо на ст. Каган, Коканд и Самарканд. Было положено начало укреплению производственно-технической ремонтной базы вагонов. К концу 80-х годов на дороге действовало 16 вагонных депо, оснащенных необходимыми техническими средствами, технологическим оборудованием и механизмами.
Созданы также ремонтно-экипировочные пункты пассажирских вагонов на ст. Тукумачи, Андижан, Ашхабад, 16 пунктов подготовки полувагонов и платформ, 13 пунктов комплексной подготовки крытых и изотермических вагонов, 5 промывочно-пропарочных станций и пунктов экипировки рефрижераторных секций. На ст. Сырдарьинская было построено рефрижераторное депо, обеспечивающее ремонт рефрижераторных секций. На дороге действовало 18 основных локомотивных депо, в которых выполнялись все виды технического обслуживания и текущего ремонта локомотивов.
Практически на всем главном ходу дороги песчаный и гравийный балласт был заменен щебеночным. На всем протяжении главных путей уложены стрелочные переводы тяжелого типа, термически обработанные рельсы Р50 и Р65. Общая протяженность пескозащитных сооружений составляла 2660 км (более 40% всех путей).
В 1971 году началась электрификация пригородных линий Ташкентского железнодорожного узла на постоянном токе, а с 1990 года грузовые и пассажирские перевозки осуществляются электровозами переменного тока. Были электрифицированы участки Ченгельды – Келес – Ташкент-пассажирский – Хаваст, Келес – Далагузар, Ташкентский железнодорожный узел (Тукумачи – Хамза – Ташкент-товарный). Было электрифицировано 267 км железнодорожных путей на переменном токе и 67 км на постоянном. Эксплуатировались электровозы марки ВЛ60, ВЛ80, электропоезда марки ЭР9Е.
За годы независимости в Узбекистане проделана большая работа по формированию новых стальных магистралей. Проложена в песках Кызылкумов железная дорога Навои – Учкудук – Султануиздаг – Нукус, возведен совмещенный железнодорожно-автомобильный мост через реку Амударья, в сложнейших горных условиях построена железная дорога Ташгузар – Бойсун – Кумкурган.
Важное значение придается и модернизации существующей сети железных дорог. За счет заемных средств Азиатского банка развития реализованы два крупных инвестиционных проекта и проведена реабилитация пути на участке Ташкент – Самарканд – Бухара, завершена прокладка волоконно-оптических линий связи протяженностью более 600 км на участке Келес – Бухара. Завершена работа по электрификации железнодорожной линии Тукимачи — Ангрен. Завершено строительство новых железнодорожных линий Янгиер – Джизак и Янгиер – Фархад.
В целях организации первого в Центрально-азиатском регионе высокоскоростного пассажирского движения от Ташкента до Самарканда в 2008 году был подписан контракт с компанией «Тальго» (Испания) на приобретение двух высокоскоростных пассажирских электропоездов.
C 8 октября 2011 года начал курсировать высокоскоростной поезд «Afrosiyob» (испанской компании Talgo) номер 161/162 сообщением Ташкент-Самарканд Ташкент.
Новый высокоскоростной поезд курсирует между Ташкентом и Самаркандом наряду с другими электропоездами обслуживающим данный маршрут. Высокоскоростной поезд «Afrosiyob» проходит 344 км железнодорожного пути за два часа пятнадцать минут. Максимальная скорость составляет 250 км в час.
В состав «Afrosiyob» входят два локомотива и девять комфортабельных вагонов — 2 вагона класса VIP (11 мест в вагоне), 2 бизнес класса (26 мест в вагоне), 4 эконом класса (36 мест в вагоне) и вагон-бистро.
Современный вид поезду придает, прежде всего, его дизайн – аэродинамический, оптимизированный под воздействие волны давления и бокового ветра. Длина электропоезда составляет 157 м, высота – 4 м. Все салоны оборудованы мягкими, удобными креслами с откидной спинкой и встроенными столиками, а также мониторами для просмотра видео. Все зоны поезда являются зонами для некурящих.
Салоны всех вагонов оснащены вешалками для одежды и местами для хранения крупного багажа, а также традиционными багажными полками. В вагонах созданы необходимые условия для людей с ограниченными возможностями, в третьем вагоне имеется также место со специальным креплением для размещения инвалидных колясок, снабженное кнопкой вызова стюарда. Перемещению инвалидных колясок способствует также то, что пол во всех зонах поезда имеет одинаковый уровень.
Электрификация железных дорог Узбекистана была начата в 1971 году на постоянном токе. Одним из последних проектов компании была электрификация железнодорожного участка Тукимачи – Ангрен, которая была осуществлена в 2010 году. За счет ввода в эксплуатацию указанного участка железной дороги общая протяженность электрифицированных участков доведена до 1601 км.
Целью проекта являлась замена существующей дизельной тяги на электротягу переменного тока на этом участке, что станет завершением перевода на современные технологии железнодорожных линий всего Ташкентского региона.
На всем протяжении участка внедрены новейшие технологии – системы дистанционного управления СКАДА, контактной сети, тяговых подстанций, микропроцессорной централизации, системы электронных счетов осей и телекоммуникации. Система электроснабжения построена с расчетом движения поездов со скоростью до 160 км/ч.
В ходе строительства были возведены три моста общей протяженностью 265 м, 2258 электроопор, 6 зданий и сооружений для электрических подстанций, дежурных пунктов и централизованного электропоста, оснащенных современным оборудованием и контрольной аппаратурой, обеспечивающими безопасность движения поездов.
В настоящее время в рамках реализации инвестиционных проектов по электрификации железнодорожных участков Мароканд – Карши, Карши – Термез и железнодорожной линии Ангрен – Пап работа продолжается.
Одним из приоритетов является реализация ряда проектов по обновлению парка локомотивов, пассажирских и грузовых вагонов. На предприятиях АО «Узбекистон темир йуллари» освоен серийный выпуск пассажирских и грузовых вагонов. Это, в частности, купейные вагоны с кондиционированием воздуха, наиболее востребованные виды грузовых вагонов – крытые, цистерны для нефтепродуктов, полувагоны и др.
Кроме того, в республике придается немаловажное значение вопросу дальнейшего развития импортозамещения и локализации производства запасных частей, узлов и деталей для подвижного состава и железнодорожной инфраструктуры.